NB-Diagrec

Le neuroblastome (NB) qui est la tumeur solide extra-crânienne la plus fréquente du jeune enfant est caractérisé par une grande variabilité clinique et génétique. Des études récentes ont montré grâce à des techniques de séquençage haut débit la présence de population sous-clonale de cellules neuroblastes présentant des mutations du gène ALK au sein de la tumeur et il a été mis en évidence que des nouvelles mutations de ALK peuvent émerger au moment de la rechute. L’ensemble de ces résultats suggèrent l’existence d’une hétérogénéité temporale et spatiale du neuroblastome. Le but de notre projet NB-diagrec est d’étudier l’évolution clonale des neuroblastomes par séquençage whole-genome des tumeurs au diagnostic et à la rechute afin de mieux comprendre les éventuels événements moléculaires qui pourraient survenir à la rechute. Des séquençages whole-genome ont été réalisés sur 10 trios (ADN constitutionnel, ADN tumoral au diagnostic et ADN tumoral à la rechute) en 2 phases : une phase « pilote » de 2 trios dont le séquençage est terminé et les résultats sont en cours d’analyse bioinformatique et la phase des 8 trios supplémentaires qui est en cours de séquençage.
L’analyse bioinformatique, éffectuée à ce jour pour la phase pilote (2 trios) consiste en une phase de nettoyage des bam selon les recommandations de Genome Analysis Toolkit (GATK). L’appel des variants est fait en utilisant en parallèle 3 outils : GenomeAnalysisTK, Samtools et MuTect. Pour l’annotation des variants, Annovar est utilisé avec les bases de données cosmic, dbsnp et RefSeq pour l’annotation structurelle. Les échantillons constitutionnels permettent de filtrer les variants non somatiques. Les variants présents dans plus de 1 % de la population dans les bases « 1000 genomes », « Exome Sequencing Project » ou « Exome Aggregation Consortium » sont filtrés pour éliminer les polymorphismes et les variants synonymes sont également éliminés. Une analyse des altérations en nombre de copies est également réalisée avec l’outil control-FREEC.
L’analyse se poursuivra dès reception des données des trios suivants.

Publications :

• Chicard M. et al. Whole-Exome Sequencing of Cell-Free DNA Reveals Temporo-spatial Heterogeneity and Identifies Treatment-Resistant Clones in Neuroblastoma. Clinical Cancer Research 2017, vol. 24, issue 4
• Boeva V. et al. Heterogeneity of neuroblastoma cell identity defined by transcriptional circuitries. Nature Genetics 2017, vol. 49, issue 9
• Deveau P et al. QuantumClone: clonal assessment of functional mutations in cancer based on a genotype-aware method for clonal reconstruction. Bioinformatics 2018, vol. 34, issue 11
• Bellini A. et al. Study of chromatin remodeling genes implicates SMARCA4 as a putative player in oncogenesis in neuroblastoma. International Journal of Cancer 2019, vol. 145, issue 10