Introduction

Le plateau a été créé en 1999 lors de la mise en place de la Génopole Montpellier – Languedoc-Roussillon. Il est installé sur le campus Arnaud de Villeneuve, au sein de l’Institut de Génomique Fonctionnelle.

Ce plateau propose les services suivants :

• Séquençage haut débit
• Bio-statistiques et bio-informatique

Les applications incluent notamment le séquençage de novo ou le re-séquençage de génomes, l’étude du transcriptome de nombreuses espèces animales, végétales et procaryotes, mais également les techniques d’étude de la structure et de la dynamique chromatinienne (ChIP-seq, 4C, Hi-C…) et des modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN). Il développe des approches de génomique sur cellules uniques en solution ou sur coupe de tissu.

La plateforme est servie par 10 ingénieurs : 7 biologistes moléculaires et 3 bio-informaticiens.

Equipements

Développement

La plateforme travaille actuellement sur des méthodes permettant de limiter les coûts de séquençage et de réduire les biais liés aux méthodes de construction des banques notamment dans le cadre d’études transcriptomiques.

Elle travaille également sur une méthode permettant d’évaluer la stabilité du génome des lignées cellulaires (notamment iPS) au cours des différents passages nécessaires à leur croissance.

Principales réalisations

• de la Fuente C. et al. (2024) Glutaredoxin regulation of primary root growth is associated with early drought stress tolerance in pearl millet. Elife. 12:RP86169. doi: 10.7554/eLife.86169
• Salles J. et al. (2024) Differential DNA methylation in iPSC-derived dopaminergic neurons: a step forward on the role of SNORD116 microdeletion in the pathophysiology of addictive behavior in Prader-Willi syndrome. Mol Psychiatry. 29:2742-2752. doi: 10.1038/s41380-024-02542-4.
• Boulanger M. et al. (2023) DeSUMOylation of chromatin-bound proteins limits the rapid transcriptional reprogramming induced by daunorubicin in acute myeloid leukemias. Nucleic Acids Res. 51:8413-33. doi: 10.1093/nar/gkad581.
• Bouchereau W. et al. (2022) Major transcriptomic, epigenetic and metabolic changes underly the pluripotency
  continuum in rabbit preimplantation embryos. Development 19. doi: 10.1242/dev.200538.
• Geffroy B. et al. (2021) Unraveling the genotype by environment interaction in a thermosensitive fish with a
  polygenic sex determination system. PNAS U S A 118. doi: 10.1073/pnas.2112660118.
• Le Roy C. et al. (2021) Convergent morphology and divergent phenology promote the coexistence of Morpho
  butterfly species. Nat Commun. 12. doi: 10.1038/s41467-021-27549-1.
• Reynès C et al. (2020) ISoLDE: a data-driven statistical method for the inference of allelic imbalance in datasets with reciprocal crosses. Bioinformatics. 36(2):504-13. doi: 10.1093/bioinformatics/btz564
• Puighermanal E et al. (2020) Functional and molecular heterogeneity of D2R neurons along dorsal ventral axis in the striatum. Nat Commun. 11:1957. doi: 10.1038/s41467-020-15716-9.

Mise à jour Janvier 2025