Introduction

Le plateau a été créé en 1999 lors de la mise en place de la Génopole Montpellier – Languedoc-Roussillon. Il est installé sur le campus Arnaud de Villeneuve, au sein de l’Institut de Génomique Fonctionnelle.

Ce plateau propose les services suivants :

• Séquençage haut débit
• Bio-statistiques et bio-informatique

Les applications incluent notamment le séquençage de novo ou le re-séquençage de génomes, l’étude du transcriptome de nombreuses espèces animales, végétales et procaryotes, mais également les techniques d’étude de la structure et de la dynamique chromatinienne (ChIP-seq, 4C, Hi-C…) et des modifications épigénétiques (méthylation de l’ADN). Il développe des approches de génomique sur cellules uniques

La plateforme est servie par 10 ingénieurs : 6 biologistes moléculaires et 4 bio-informaticiens.

Equipements

Développement

La plateforme travaille actuellement sur des méthodes permettant de limiter les coûts de séquençage et de réduire les biais liés aux méthodes de construction des banques notamment dans le cadre d’études transcriptomiques.

Elle travaille également sur une méthode permettant d’évaluer la stabilité du génome des lignées cellulaires (notamment iPS) au cours des différents passages nécessaires à leur croissance.

Principales réalisations

• HRS-seq, une méthode permettant d’identifier les régions partitionnées dans les corps nucléaires. Baudement MO et al. (2018) High-salt-recovered sequences are associated with the active chromosomal compartment and with large ribonucleoprotein complexes including nuclear bodies. Genome Res. 28:1733-46. doi: 10.1101/gr.237073.118.
• ISoLDE, une méthode permettant de réaliser du RNA-seq allélique. Reynès C et al. (2020) ISoLDE: a data-driven statistical method for the inference of allelic imbalance in datasets with reciprocal crosses. Bioinformatics. 36(2):504-13. doi: 10.1093/bioinformatics/btz564
• Caubit X et al. (2016) TSHZ3 deletion causes an autism syndrome and defects in cortical projection neurons. Nat Genet. 48:1359-69. doi: 10.1038/ng.3681.

• Varrault A et al. (2017) Identification of Plagl1/Zac1 binding sites and target genes establishes its role in the regulation of extracellular matrix genes and the imprinted gene network. Nucleic Acids Res. 45:10466-80. doi: 10.1093/nar/gkx672.
• Morchikh M et al. (2017) HEXIM1 and NEAT1 Long Non-coding RNA Form a Multi-subunit Complex that Regulates DNA-Mediated Innate Immune Response. Mol Cell. 67:387-99.  10.1016/j.molcel.2017.06.020.
• Gautier M et al. (2018) The Genomic Basis of Color Pattern Polymorphism in the Harlequin Ladybird. Curr Biol. 28:3296-3302. doi: 10.1016/j.cub.2018.08.023.
• Du K et al. (2020) The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization. Nat Ecol Evol. 4:841-52. doi: 10.1038/s41559-020-1166-x.
• Puighermanal E et al. (2020) Functional and molecular heterogeneity of D2R neurons along dorsal ventral axis in the striatum. Nat Commun. 11:1957. doi: 10.1038/s41467-020-15716-9.
• Garot E et al. (2019) Plant population dynamics on oceanic islands during the Late Quaternary climate changes: genetic evidence from a tree species (Coffea mauritiana) in Reunion Island. New Phytol. 224:974-86 doi: 10.1111/nph.16052.
• JayP et al. (2021) Mutation load at a mimicry supergene sheds new light on the evolution of inversion polymorphisms. Nat Genet. 53:288-93. doi: 10.1038/s41588-020-00771-1.
• Imarazene B et al. (2021) A supernumerary « B-sex » chromosome drives male sex determination in the Pachón cavefish, Astyanax mexicanus. Curr Biol. S0960-9822(21)01134-9. doi: 10.1016/j.cub.2021.08.030.

Mise à jour Nov 2021