Introduction

GeT-PlaGe est un acteur majeur au niveau régional et national dans l’analyse des Génomes pour les scientifiques des domaines de l’agronomie, l’écologie, l’environnement et la microbiologie.

Plateforme technologique de pointe, localisée à Toulouse, elle met à disposition de la communauté scientifique les outils et l’expertise dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique. Regroupée avec les plateformes et plateaux génomiques de la région toulousaine, et faisant partie de GenoToul, elles forment la plateforme GeT qui a pour missions de :

• Acquérir et maintenir l’expertise en génomique, implémenter les développements pertinents
• Conseiller les équipes sur les meilleures approches en génomique (et en premier lieu de séquençage haut débit) pour répondre à leurs questions de recherche et les accompagner tout au long de leur projet de :

1. 1. 1. Génomique structurale : Génome de référence (LR & HI-C), étude de variations ponctuelles ou structurales
      2. Génomique fonctionnelle : Transcriptome et Epigénétique,

• Produire des données de qualité
• Partager son savoir-faire

La plateforme participe aux projets de recherche en tant que collaborateur pour la production de données sur le développement de nouvelles applications ou technologies. Elle propose aussi de réaliser certaines analyses bioinformatiques liées aux données NGS ou microarray produites sur ses sites.

GeT-PlaGe le site principal est constitué de 35 personnes dont une équipe de 5 personnels INRAE transfert dédiée au service aux entreprises. La plateforme produit des données pour 220 projets publics par an (chiffre 2020). 50 sociétés ont fait appel au service aux entreprises.

Expertise

Génomique

• Séquençage de génomes de novo (Short & Long Read)
• Re-séquençage
• Conversion bisulfite
• EmSeq
• Hi-C
• Métagénomique (Shotgun & Metabarcoding) – Short & Long Read
• Génotypage par séquençage – Low pass sequencing
• Séquençage d’amplicons
• Analyse de méthylations sur ADN natif (Nanopore / PacBio)
• Banques « Ready-to-load »

Transcriptomique

• RNAseq
• IsoSeq PacBio
• PCR quantitative
• ARN direct Nanopore
• Banques « Ready-to-load »

Equipements

1. Séquençage :
   • Short Reads : 3 Aviti Element Biosciences, 1 NovaSeq6000 Illumina (début 2025), 2 Miseq Illumina
   • Long Reads : Sequel II PacBio, 1 GridION Oxford Nanopore Technology, 1 PromethION Oxford Nanopore Technology
2. Autres sites de GeT :
   • Séquenceurs : 1 automate Ion Chef et séquenceur Ion S5 Prime Thermofisher (GeT-Biopuces), 1 Miseq Illumina (GeT-Biopuces), 1 iSeq100 Illumina (GeT-TriX), 1 MinION Oxford Nanopore Technology (GeT-Biopuces), Chromium Controller (GeT-Santé)
   • Puces : 1 SPECTROstar Nano BMG labtech, Innoscan 900 Innopsys (GeT-Biopuces),  1 scanner de microarrays + four d’hybridation Agilent (GeT-TriX)