Plateforme de séquençage de Marseille TGML
Introduction
Depuis 20 ans, la plateforme TGML est un acteur majeur de la génomique. Cette plateforme est hébergée à l’unité de recherche TAGC U1090, sur le campus de Luminy d’Aix-Marseille Université (AMU). La plateforme est dirigée par B. Loriod et D. Puthier.
La plateforme a reçu le label IBiSA en 2008, puis a été intégrée à l’infrastructure distribuée de France Génomique. En 2016, le TGML a reçu le label de plateforme technologique AMU qui a été renouvelé en 2025. La confiance des institutions est notamment liée au modèle développé par la plateforme, qui repose sur une forte expertise, une standardisation des procédures et une ouverture totale à la communauté scientifique nationale et internationale et aux entreprises privées. En ce sens, la plateforme est certifiée » ISO 9001 : 2015 & NFX 50-900 : 2016 » depuis 2015. Plus récemment, la plateforme a intégré l’Institut des maladies rares de Marseille (MarMaRa). En tant qu’acteur clé de l’enseignement de la génomique dans les Bouches-du-Rhône, le TGML est impliqué dans le projet Master of Excellence (dirigé par C. Bordi et a intégré les plateformes interdisciplinaires d’enseignement et de recherche (TRIPS : Training and Research Interdisciplinary Platforms). TRIPS est le nouvel outil de l’AMU pour renforcer l’enseignement des étudiants de Master et de Doctorat par la recherche.
Le personnel de la plateforme s’implique dans la formation à l’échelle nationale en formant chaque année des dizaines de chercheurs à l’école de bioinformatique de Roscoff pendant une semaine (D. Puthier) et à l’échelle internationale (Mexique, Algérie, Thaïlande, Brésil, Liban…).
Expertise
- Transcriptomique : RNA-seq poly A selection et ribodepletion, miRNA-seq
- Génomique : Reséquençage ciblé, exome complet, SNV, small/large IndDels, etc.
- Épigénomique : CapStarr-Seq, ChIP-seq, FAIRE-seq/ATAC-seq, Mnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
- Cellule unique : scRNA-seq, scATAC-seq, cell-hashing
- Analyses bio-informatiques : à la demande selon le projet
Equipements
- Séquençage : NextSeq 2000 et NextSeq 500 (Illumina),
- Single-cell : Chromium Controller (10x genomics)
- Contôle qualité: Fragment Analyzer (Agilent)
Développement
Un plan stratégique triennal nous permet de planifier les demandes de financement et les développements technologiques à mettre en œuvre. Les développements sont motivés par (i) la demande des clients, (ii) une veille scientifique permettant aux chercheurs et ingénieurs de rester en phase avec l’évolution du domaine (iii) des réunions régulières avec les chercheurs associés permettant le partage d’informations (iii) des webinars et le workshop France Genomique qui permettent de tirer profit des différentes approches.
Le TGML souhaite mettre en place les approches multi-omiques, de plus l’acquisition du Chromium X permet de travailler avec des cellules fixées, rendant plus de flexible l’approche single-cell. Parallèlement à l’analyse de cellules uniques, la transcriptomique spatiale devient une méthode complémentaire pour résoudre la complexité des organes ou des tissus, le TGML prévoit donc de s’équiper du CytAssist (10X Genomics).
Principales réalisations
Sur les 2 dernières années, la plateforme a accepté une moyenne de 38 projets par an pour un nombre moyen d’échantillons annuels de 573. Les principaux services proposés sont des analyses du transcriptome (par exemple RNA-seq, scRNA-seq, miRNA-seq), du génome (par exemple DNA-seq : SNPs, small/large InDels, exome complet, séquençage ciblé après capture) et de l’épigénome (par exemple ChIP-seq, Mnase-seq, FAIRE-seq). Ces services comprennent des analyses bioinformatiques de la qualité des données. De plus, le TGML dispose d’une expertise significative en bioinformatique.
Publications récentes
Mokhtari A. et al. Using multiomic integration to improve blood biomarkers of major depressive disorder: a case-control study. EBioMedicine 2025 10.1016/j.ebiom.2025.105569
Sananmuang T. et al. Differential transcript usage across mammalian oocytes at the germinal vesicle and metaphase II stages. Theriogenology 2024 10.1016/j.theriogenology.2023.11.016
Chokeshaiusaha K. et al. Cross-species analysis of differential transcript usage in humans and chickens with fatty liver disease. Vet World 2023 10.14202/vetworld.2023.1964-1973
Madaci L. et al. Single-Cell Transcriptome Analysis of Acute Myeloid Leukemia Cells Using Methanol Fixation and Cryopreservation. Diseases 2023 10.3390/diseases12010001
Tao Wang T. et al. ATAD2 controls chromatin-bound HIRA turnover. Life Sci Alliance 2021 10.26508/lsa.202101151
Iuso D. et al. Nucleoside diphosphate kinases 1 and 2 regulate a protective liver response to a high-fat diet. Sci Adv. 2023 10.1126/sciadv.adh0140
Madaci L. et al. The Contribution of Multiplexing Single Cell RNA Sequencing in Acute Myeloid Leukemia. Diseases 2023 10.3390/diseases11030096
Mitoyan L. et al. Defining Anorectal Transition Zone Heterogeneity Using Single-Cell RNA Sequencing. Methods Mol Biol. 2023 10.1007/978-1-0716-3076-1_8
Mitoyan L. et al. In Vivo Model for Isolating Epithelial Cells of the Anorectal Transition Zone. Methods Mol Biol. 2023 10.1007/978-1-0716-3076-1_4
Mise à jour Mars 2025
Certification / Assurance qualité
L’ensemble de l’activité de la plate-forme est certifié ISO 9001:2015 et NFX 50-900 :2016.
Labels
GIS IBiSA, Cancéropôle PACA, CoReBio PACA, Plateforme technologique AMU
Responsables de la Plateforme
Béatrice Loriod
Campus Universitaire de Luminy
13009 Marseille
TAGC U1090
Inserm, Aix Marseille Université
Contacts
Béatrice Loriod : beatrice.loriod@inserm.fr
04 91 82 87 13
