La plateforme de séquençage haut-débit de l’Institut Curie mise en place en 2007 a connu un essor important en 2012 lors de l’obtention d’un label Equipex (ICGex pour Institut Curie Génomique d’Excellence). Depuis lors, elle n’a cessé d’accroître son débit et son expertise et réalise actuellement plus de 500 projets par an soit près de 70Tb d’ADN séquencés et analysés.

En lien direct avec les cliniciens de l’hôpital et les chercheurs du centre de recherche, la plateforme ICGex se caractérise par un positionnement fort en cancérologie (recherche fondamentale et translationnelle) qui requière la maîtrise d’une grande diversité d’applications.

La plateforme ICGex est ouverte à la communauté scientifique sous forme collaborative et propose son expertise via le réseau national France Génomique.

Expertise

La plateforme propose la prise en charge de projets de séquençage incluant la préparation des banques et le séquençage mais aussi le séquençage direct de banques préparées par les collaborateurs.

– En génomique, des protocoles permettant le séquençage de génomes entiers (WGS) ou le reséquençage ciblé de l’exome complet (WES) et de panels de gènes sont implémentés et proposés à la communauté à partir d’ADN génomique ou encore d’ADN circulant.

– En transcriptomique, le séquençage d’ARN (RNAseq) est un axe fort regroupant près d’une dizaine de protocoles différents afin de répondre à la diversité des besoins. Si la majorité des projets concerne des protocoles standards ciblant les ARNm ou les ARN totaux après ribodépletion, des protocoles adaptés aux échantillons dégradés (FFPE) et aux faibles quantités sont aussi supportés.

– En épigénomique, la plateforme propose des approches de ChIP-seq afin de caractériser les marques d’histones et les sites de fixation de facteurs de transcription. La plateforme est aussi souvent amenée à séquencer des banques d’ATACseq visant à identifier les régions ouvertes de la chromatine et des banques d’HiC qui permettent d’étudier la conformation de la chromatine au sein du noyau

– Concernant l’analyse de cellules uniques, la plateforme a implémenté les principales applications disponibles sur le système chromium (10X Genomics) : gene expression 3’ et 5’ (scRNAseq), l’immune profiling (VDJseq), le snATACseq ainsi que le multiome qui intègre snRNAseq et snATACseq. La spatial transcriptomics basée sur la technologie Visium (10X Genomics) est elle aussi proposée en collaboration avec la plateforme de pathologie expérimentale de l’hôpital (Pathex).

– En séquençage de 3ème génération, le SMRTseq (Single Molecule Real Time SEQuencing) proposé par Pacific Biosciences (PacBio) est disponible à la plateforme. Le Sequel IIe, permet de produire de longues séquences (10-20kb) de très haute qualité (HiFi reads technology). Des protocoles de séquençage d’ARN pleine longueur (IsoSeq) ont été mis en place ainsi que des approches génomiques de séquençage ciblé (capture ou amplicons) et séquençage de génome entier (WGS).

– Nous sommes aussi équipés de la technologie Oxford Nanopore avec le système PromethION P2. Nous proposons du séquençage d’ARN direct, permettant la détection de bases modifiées. Mais aussi le séquençage de génome complet (pour identifier des variants structuraux ou des bases modifiées).

Equipements