Plateforme de séquençage de Clermont-Ferrand

La plateforme GENTYANE (GEnoTYpage and sequencing in AuvergNE) est rattachée à l’INRAE (Centre Auvergne Rhône Alpes) et plus particulièrement au Département Biologie et Amélioration des Plantes (BAP).

La plateforme a pour objectifs scientifiques :
(1) d’appuyer les recherches conduites dans les différentes équipes de l’UMR GDEC
(2) de réaliser des prestations de génotypage et séquençage pour le compte d’autres équipes INRAE ou d’autres organismes publics et privés
(3) d’assurer une veille technologique permettant de mettre en place de nouveaux outils répondant mieux, plus rapidement et à un coût moindre aux attentes des utilisateurs

(4) d’assurer la formation d’étudiants mais aussi de nos partenaires dans le cadre de projets collaboratifs

L’équipe est composée d’ingénieurs et de techniciens, experts en génotypage et séquençage. Nous disposons d’un bâtiment avec toutes les sécurités : électrique, incendie et contrôle d’accès.

Expertise

Génotypage :
- SNP en technologie Pace Assay 3CR Bio (Plaques 384 ou en microfluidique Fluidigm)
- Génotypage par séquençage GBS AgriSeq Thermo (de 300 à 3000 SNP sur plusieurs milliers d’individus)
- SNP avec la technologie AXIOM (jusqu’à 675000 SNP en puce format 96 et jusqu’à 70000 SNP en puce format 384)
- Microsatellites sur séquenceur capillaire 96
- Etude d’expression sur puce Fluidigm 48*48 ou 96*96
Séquençage : séquençage SR et LR de novo, amplicons, reséquençage, métagénomique, RNAseq
Extraction d’ADN haut débit : la plateforme GENTYANE propose l’extraction automatisée d’ADN (animal ou végétal, sur billes magnétiques) sur robot Beckman i-Series i7 avec un débit de 1536 échantillons par jour et sur Hamilton Vantage

Equipements

Séquençage : Revio et Sequel 8M Pacific Biosciences, P2i ONT, IIon S5 Thermo et Aviti Element Biosciences
Génotypage : 2 Genetitan Affymetrix, 3730xl DNA Analyzer, Biomark, JUNO, Biomark X LightCycler 480, Solution AgriSeq Thermo (Ion Chef et S5 Prime).
Carte Optique : 2 BionanoGenomics Saphyr
Robotique : 3 Beckman FxP, 1 Beckman i-Series i7, 1 Biomek 4000, 1 Hamilton STARlet, Hamilton Vantage, Integra Assist Plus
Autres : Megaruptor 3, 1 BluePippin Sage, Tecan Spark, 2 Fragment Analyser Agilent, 1 Fragment Analyser Femto Pulse, 3 Integra ViaFlo 96 et 384, Qubit Flex Fluorometer

Principales réalisations

Réalisation de 300 projets (chiffre d’affaires annuel moyen de 2,5 millions d’euros) et d’environ 25 articles scientifiques par an au cours des 5 dernières années.

Pubert, M-C. et al. A cluster of putative resistance genes is associated with a dominant resistance to sunflower broomrape, Theor Appl Genet (2024) https://doi.org/10.1007/s00122-024-04594-0.
Kuhl, H. et al. Multi-genome comparisons reveal gain-and-loss evolution of anti-Mullerian hormone receptor type 2 as a candidate master sex-determining gene in Percidae, BMC Biol (2024) https://doi.org/10.1186/s12915-024-01935-9.
Barthélémy, D. et al. Direct Comparative Analysis of a Pharmacogenomics Panel with PacBio Hifi® Long-Read and Illumina Short-Read Sequencing, Journal of Personalized Medicine. (2023) https://doi.org/10.3390/jpm13121655.
Ramírez-Sánchez, D. et al. Investigating genetic diversity within the most abundant and prevalent non-pathogenic leaf-associated bacteria interacting with Arabidopsis thaliana in natural habitats, Frontiers in Microbiology. (2022) https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.984832 Corrigendum (2023). https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2023.1304377
Fayad, N. et al. Complete genome sequences of two Bacillus thuringiensis serovar kurstaki strains isolated from Lebanon and Tunisia, highly toxic against lepidopteran larvae, Microbiology Resource Announcements. (2023) https://doi.org/10.1128/MRA.00060-23.
Delpuech, E. et al. Whole‐genome sequencing identifies interferon-induced protein IFI6/IFI27-like as a strong candidate gene for VNN resistance in European sea bass, Genetics Selection Evolution. (2023) https://doi.org/10.1186/s12711-023-00805-2.
Huang, K. et al. The genomics of linkage drag in inbred lines of sunflower, Proceedings of the National Academy of Sciences. (2023) https://doi.org/10.1073/pnas.2205783119