Plateforme de séquençage de Clermont-Ferrand

La plateforme GENTYANE (GEnoTYpage and sequencing in AuvergNE) est rattachée à l’INRAE (Centre Auvergne Rhône Alpes) et plus particulièrement au Département Biologie et Amélioration des Plantes (BAP).

La plateforme a pour objectifs scientifiques :
(1) d’appuyer les recherches conduites dans les différentes équipes de l’UMR GDEC
(2) de réaliser des prestations de génotypage et séquençage pour le compte d’autres équipes INRAE ou d’autres organismes publics et privés
(3) d’assurer une veille technologique permettant de mettre en place de nouveaux outils répondant mieux, plus rapidement et à un coût moindre aux attentes des utilisateurs

(4) d’assurer la formation d’étudiants mais aussi de nos partenaires dans le cadre de projets collaboratifs

L’équipe est composée d’ingénieurs et de techniciens, experts en génotypage et séquençage. Nous disposons d’un bâtiment avec toutes les sécurités : électrique, incendie et contrôle d’accès.

Expertise

Génotypage :
- SNP en technologie KASPar (Plaques 384 ou en microfluidique)
- Génotypage par séquençage GBS AgriSeq Thermo (de 300 à 3000 SNP sur plusieurs milliers d’individus)
- SNP avec la technologie AXIOM (jusqu’à 675000 SNP en puce format 96 et jusqu’à 70000 SNP en puce format 384)
- Microsatellites sur séquenceur capillaire 96
- Etude d’expression sur puce Fluidigm 48*48 ou 96*96
Séquençage : séquençage de novo, amplicons, reséquençage
Carte optique : réalisation d’extraction d’ADN d’ultra haut poids moléculaire, marquage et passage sur puce Bionano Genomics , appareil Saphyr
Extraction d’ADN haut débit : la plateforme GENTYANE propose l’extraction automatisée d’ADN (animal ou végétal, sur billes magnétiques) sur robot Beckman i-Series i7 avec un débit de 1536 échantillons par jour et sur Hamilton Vantage

Equipements

Séquençage : 2 Sequel 8M (sept. 2019) Pacific Biosciences, IIon S5
Génotypage : 2 GENETITAN Affymetrix, 3730xl DNA Analyzer, Biomark, JUNO, Biomark X LightCycler 480, Solution AgriSeq Thermo (Ion Chef et S5 Prime).
Carte Optique : 2 BionanoGenomics Saphyr
Robotique : 3 Beckman FxP, 1 Beckman i-Series i7, 1 Biomek 4000, 1 Hamilton STARlet, Hamilton Vantage
Autres : Megaruptor 3, 1 BluePippin Sage, Tecan Infinite M1000, 2 Fragment Analyser Agilent, 1 Fragment Analyser Femto Pulse, 3 Integra ViaFlo 96 et 384, Qubit Flex Fluorometer

Principales réalisations

Réalisation de 300 projets (chiffre d’affaires annuel moyen de 2,5 millions d’euros) et d’environ 25 articles scientifiques par an au cours des 5 dernières années.

Saintenac, F. et al. A wheat cysteine-rich receptor-like kinase confers broad-spectrum resistance against Septoria tritici blotch, Nature Communications. (2021) 12:433. https://doi.org/10.1038/s41467-020-20685-0.

D’Ambrosio, R. et al. Genetic architecture and genomic selection of female reproduction traits in rainbow trout, BMC Genomics. (2020) 21 : 558. https://doi.org/10.1186/s12864-020-06955-7.

Rimbert H. et al. High throughput SNP discovery and genotyping in hexaploid wheat. PLOS ONE, (2018)13: e0186329.

Joulié A. et al. Molecular epidemiology of Coxiella burnetii in French livestock reveals the existence of three main genotype clusters and suggests species-specific associations as well as regional stability. INFECTION, GENETICS AND EVOLUTION (2017) 48:142–149.

Bianco L. et al. Development and validation of the Axiom®Apple480K SNP genotyping array. THE PLANT JOURNAL (2016) 86:62-74.

Mise à jour Mars 2022