Analyses bio-informatiques

La plateforme génomique de Toulouse en partenariat avec la plateforme bio-informatique GenoToul de Toulouse a développé un site de mise à disposition des données brutes (nG6 : https://ng6.toulouse.inra.fr/).  Après séquençage, sont disponibles sur le site nG6 :

• les séquences brutes et des qualités associées au format fastq, pendant 3 mois sur un espace de stockage sauvegardé
• l’analyse primaire (rapport de séquençage et contrôle qualité (fastQC), recherche de contaminants).
• l’alignement des lectures contre une séquence de référence (si applicable) et analyse du taux d’alignement par position.

GeT-PlaGe propose par la suite d’accompagner les équipes de recherche pour l’assemblage de petits génomes à partir de lectures longues, et ce, de la définition du projet au rendu du résultat (assemblage et métriques sur la qualité de l’assemblage). GeT-PlaGe met aussi à disposition de ses utilisateurs un parc d’ordinateurs disposant des logiciels permettant d’analyser les données qui sont produites sur ses appareils (hors NGS). Les logiciels permettant l’analyse des données NGS sont disponibles sur l’infrastructure de la plateforme bioinformatique.

L’avenir à GeT-PlaGe

Fort de l’expérience et de l’expertise acquises depuis 24 ans en lien avec la communauté scientifique, et notamment avec le projet SeqOccIn,, la plateforme GeT-PlaGe vous accompagne dans 4 domaines majeurs :

• La connaissance des génomes : caractérisation des génomes complets et recherche des variations.
• La transcriptomique
• L’épigénétique avec entre autres les recherches de méthylation
• La métagénomique

Nous avons à cœur de continuer à investir dans les outils et méthodes nécessaires et à innover dans ces domaines pour répondre aux attentes des équipes de recherche.

La plateforme dispose par ailleurs de budgets adéquats permettant d’investir très rapidement dans de nouvelles technologies lorsque celles-ci arrivent sur le marché. Une extension de son bâtiment actuel devrait voir le jour d’ici 3 ans.

Principales réalisations

• • Librado P. et al. (2024) Widespread horse-based mobility arose around 2200 BCE in Eurasia. Nature  631(8022):819-825. doi: 10.1038/s41586-024-07597-5
  • Denis E. (2024) Validated DNA isolation method ensuring successful long-read sequencing of cattle semen genome. PLoS One. 19(8):e0308011. doi: 10.1371/journal.pone.0308011
  • Eché, C. et al.  (2023) A Bos taurus sequencing methods benchmark for assembly, haplotyping, and variant calling. Sci Data 10, 369. https://doi.org/10.1038/s41597-023-02249-1
  • Groppi et al. (2021) Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events. Nature Communications, . https://doi.org/10.1038/s41467-021-24283-6
  • Todd ET. et al. (2022) The genomic history and global expansion of domestic donkeys. Science . doi:
    10.1126/science.abo3503
  • Pecrix Y. et al. (2022) DNA demethylation and hypermethylation are both required for late nodule development in
    Medicago. Nature Plants  doi: 10.1038/s41477-022-01188-w
  • Piet et al. (2022) A chromosome-level, haplotype-phased Vanilla planifolia genome highlights the challenge of partial endoreplication for accurate whole-genome assembly. Plant Communication doi:
    10.1016/j.xplc.2022.100330

Mis à jour  Septembre 2024