Expertise

La plateforme soutient ses collaborateurs en leur donnant accès au séquençage à haut débit, avec une expertise particulière dans les applications de génomique fonctionnelle chez les eucaryotes :

● Transcriptomique : RNA-seq (faible input, long-read, cellule unique, RNA direct).
● Épigénomique/Epitranscriptomique : ChIP-seq, méthylation de l’ARN m6A.

Nous possédons une expertise particulière dans le séquençage à lecture longue Nanopore pour la transcriptomique, y compris pour le séquençage d’ARN sur cellule unique.

Nous proposons aussi un service de séquençage  » ready-to-load » pour les utilisateurs qui réalisent eux même leurs banques.

Equipements

La plateforme dispose de :

• Séquençage : (short reads): NextSeq 2000 (Illumina)
• Séquençage : (long reads): PromethION P2solo, MinION and MinION Mk1C (Oxford Nanopore Technologies)
• Transcriptomique sue cellule unique : Chromium Controller iX (10x Genomics)

Bioinformatique

Analyse bioinformatique : pour les projets collaboratifs séquencés dans notre laboratoire, nous effectuons des contrôles de qualité, des analyses différentielles RNA-seq (y compris des conceptions complexes) sur les données Illumina et Nanopore, l’identification des isoformes (Nanopore), et le scRNA-seq (Illumina et Nanopore).

 Développement d’outils bioinformatiques :

•  Aozan – un pipeline automatisé de traitement des données post-séquençage.
  • •  Article : doi:10.1093/bioinformatics/btx154.
    •  GitHub : https://github.com/GenomiqueENS/aozan
•  ToulligQC – analyses de contrôle de qualité des runs Oxford Nanopore.
  • • GitHub : https://github.com/GenomiqueENS/toulligQC/
•  Eoulsan – un gestionnaire de workflow pour les analyses de transcriptomique, long-read et cellule unique.
  • •  Article original : doi:10.1093/bioinformatics/bts165
    • Mise à jour : doi.org/10.1101/2021.10.13.464219
    •  GitHub : https://github.com/GenomiqueENS/eoulsan
• Asarusim –an automated workflow for simulating long-read single-cell Nanopore reads
• • • GitHub: https://github.com/GenomiqueENS/AsaruSim

Développement

• Single-cell RNA-seq couplé avec du séquençage long-read

Principales réalisations

Notre plateforme accueille des projets de taille moyenne sur plus de 20 espèces eucaryotes modèles ou non modèles, avec des thématiques principalement liés au développement, aux neurosciences et à la régulation génétique. Les projets auxquels nous collaborons sont souvent limités en termes de quantité de matériel de départ (low input), grâce auxquels nous avons développé une réelle expertise dans la gestion de ce type d’approches expérimentales.

Notre laboratoire a une expertise reconnue en transcriptomique Nanopore long-read, et nous avons organisé six sessions de formation en 2021 pour apprendre à utiliser un séquenceur MinION (wet-lab et bioinformatique).

Nous avons également une activité de développement d’outils bioinformatiques axée sur l’analyse, la traçabilité et le contrôle qualité automatisé des données. Nous avons développé des solutions innovantes (Eoulsan, Aozan et ToulliqQC), pérennes, et librement disponibles pour la communauté (code disponible sur GitHub avec des images Docker).

• Lehmann N, et al.. Eoulsan 2 : an efficient workflow manager for reproducible bulk, long-read and single-cell transcriptomics analyses. Bioarxiv (2021) doi.org/10.1101/2021.10.13.464219.
• Sivori M et al, The pelvic organs receive no parasympathetic innervation, eLife (2024) 12:RP91576. https://doi.org/10.7554/eLife.91576.3
• Corre M et al, Alternative splicing induced by bacterial pore-forming toxins sharpens CIRBP-mediated cell response to Listeria infection, Nucleic Acids Research, Volume 51, Issue 22, 11 December 2023, Pages 12459–12475, https://doi-org.insb.bib.cnrs.fr/10.1093/nar/gkad1033
• Hidalgo M et al, A conserved molecular template underlies color pattern diversity in estrildid finches. Science Advances (2022) Sep 2;8(35):eabm5800. org/10.1126/sciadv.abm5800.
• Orliaguet L. et al. Early macrophage response to obesity encompasses Interferon Regulatory Factor 5 regulated mitochondrial architecture remodelling. Nat Commun (2022) 13, Article number: 5089. org/10.1038/s41467-022-32813-z

Mise à jour Juillet 2024