Introduction

La plateforme GenomEast est hébergée à l’IGBMC (CNRS / Université de Strasbourg / INSERM). Forts d’une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour étudier les génomes, leur expression et leur régulation, depuis le conseil sur la planification expérimentale et le contrôle qualité du matériel de départ jusqu’à l’analyse des données. Ces services sont destinés à l’ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.

Equipements

Bioinformatique

Support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (RNA-seq, single cell RNA-seq et ATAC-seq, ChIP-seq, Cut&Run, Cut&Tag, ATAC-seq, MEDIP-seq, DNA-seq, transcriptomique spatiale), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, à travers une collaboration avec les porteurs de projets. Nous avons notamment développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données.

Organisation et animation régulière de formations en analyse de données de séquençage haut débit.

Principales réalisations

Au cours des trois dernières années, la plateforme a travaillé sur environ 250 projets/an (correspondant chaque année à environ 3 000 banques séquencées), et les bioinformaticiens de la plateforme ont analysé chaque année environ 150 projets.

Les membres de la plateforme sont co-auteurs de 52 publications au cours des trois dernières années, dont une sélection est listée ci-dessous :

• Cai Q, Sahu R, Ueberschlag-Pitiot V, Souali-Crespo S, Charvet C, Silem I, Cottard F, Ye T, Taleb F, Metzger E, Schuele R, Billas IML, Laverny G, Metzger D, Duteil D. LSD1 inhibition circumvents glucocorticoid-induced muscle wasting of male mice. Nature Communications. 2024 ; 15(1):3563.
• Bertacchi M, Maharaux G, Loubat A, Jung M, Studer M. FGF8-mediated gene regulation affects regional identity in human cerebral organoids. Elife. 2024 ; 13:e98096.
• Dupré N, Gueniot F, Domenga-Denier V, Dubosclard V, Nilles C, Hill-Eubanks D, Morgenthaler-Roth C, Nelson MT, Keime C, Danglot L, Joutel A. Protein aggregates containing wild-type and mutant NOTCH3 are major drivers of arterial pathology in CADASIL. The Journal of Clinical Investigation. 2024 ;134(8):e175789.
• Davidson G, Helleux A, Vano YA, Lindner V, Fattori A, Cerciat M, Elaidi RT, Verkarre V, Sun CM, Chevreau C, Bennamoun M, Lang H, Tricard T, Fridman WH, Sautes-Fridman C, Su X, Plassard D, Keime C, Thibault-Carpentier C, Barthélémy P, Oudard SM, Davidson I, Malouf GG. Mesenchymal-like tumor cells and myofibroblastic cancer-associated fibroblasts are associated with progression and immunotherapy response of clear-cell renal cell carcinoma. Cancer Research, 2023;83(17):2952-2969.
• Terzic J, Abu el Maaty M, Lutzing R, Vincent A, El Bizri R, Jung M, Keime C, Metzger D. Hypoxia-inducible factor 1A inhibition overcomes castration resistance of prostate tumors. EMBO Molecular Medicine, 2023;15(6):e17209.
• Scutenaire J, Plassard D, Matelot M, Villa T, Zumsteg J, Libri D, Séraphin B. The S. cerevisiae m6A-reader Pho92 promotes timely meiotic recombination by controlling key methylated transcripts. Nucleic Acids Research. 2023 ; 51(2):517-535.
• Ramos-Alonso L, Holland P, Le Gras S, Zhao X, Jost B, Bjørås M, Barral Y, Enserink JM, Chymkowitch P. Mitotic chromosome condensation resets chromatin to safeguard transcriptional homeostasis during interphase. PNAS. 2023 ; 120(4):e2210593120.

Mise à jour Janvier 2025