Plateforme de séquençage de Rennes
La plate-forme EcogenO est rattachée à l’Université de Rennes ainsi qu’au CNRS. La plate-forme, spécialisée dans la génomique environnementale, offre des réflexions originales et promeut le transfert de connaissances et de savoir-faire dans le domaine.
Expertise
La plate-forme EcogenO propose la réalisation et l’accompagnement de projets de séquençage, de la préparation des librairies jusqu’à l’analyse primaire bio-informatique des données générées par les équipements dédiés aux NGS (Next Generation Sequencing). Nous proposons également la mise à disposition d’équipements de pointe aux utilisateurs, préalablement formés.
Elle réalise également des projets de PCR quantitative haut-débit grâce au système smartchip de Takara, travaillant sur des plaques de 5184 puits. Cette technologie permet également le génotypage ainsi que la préparation de librairies d’amplicons en haut-débit.
Depuis 2019, la Plate-forme EcogenO démarre la distribution de cellules uniques grâce à l’équipement CellenOne, qui permet notamment d’éviter les doublets. Les développements pour préparer efficacement les librairies Single Cell se feront courant 2020.
Equipements
- Séquençage : MiSeq - Illumina, DNBSEQ-G400 - MGI
- Haut débit - qPCR/ Genotypage/ amplicon : Smartchip Real Time PCR - Takara/Wafergen (jusqu’à 384 échantillons ou cibles sur 1 puce)
- Distribution de Cellules uniques : CellenOne – Cellenion.
- Robotique : Biomek NXᴾ Span8 - Beckman, MGISP-960 - MGI
- Autres : Fragment Analyser et BioAnalyser – Agilent, Electrophorèse en champ pulsé CHEF-DR2 – Biorad, Covaris M220, LC 480 -Roche, thermocyclers, et autres instruments satellites de biologie moléculaire
Principales réalisations
- Préparation de banques et séquençage : métagénome (DNAseq), Transcriptome, métatranscriptome (RNAseq), Amplicon, ADN capturé, Single Cell (développement en cours)
- Projets Très Haut débit : Gene Expression (qPCR), Genotypage et Target Enrichment. Puce 5184 puits pour analyser jusqu’à 384 échantillons ou cibles.
- Diversité microbienne : 16S, 18S, Archées à très Haut débit (jusqu’à 384 échantillons en une étape)
- Développement d’analyses bioinformatiques spécifiques à un projet ou une application sur un mode collaboratif.
Des développements originaux non listés ci-dessus sont en cours pour élargir encore l’offre de séquençage. N’hésitez pas à contacter la plateforme.
Certification / Assurance qualité
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Labélisation IBiSA depuis avril 2012.
Responsables de la Plateforme
Responsable Scientifique :
Philippe Vandenkoornhuyse
philippe.vandenkoornhuyse@univ-rennes1.fr
Contacts
ecogeno@listes.univ-rennes1.fr
Tel : 02 23 23 51 27 (Campus de Beaulieu)