Plateforme de séquençage de Lille GO@L
GO@L (GenOmics – at – Lille) est la plateforme de génomique de l’unité PLBS (UAR2014-US41). Elle fournit un large éventail de solutions et d’expertises dans le domaine de la génomique à haut débit. Les approches techniques utilisées s’appuient principalement sur le séquençage à haut débit. Issue du rapprochement de deux entités spécifiques et établies de longue date, TAG (Transcriptomic and Applied Genomic) et GFS (Génomique Fonctionnelle et Structurale), la plateforme a développé au fil des années une expertise reconnue en microbiologie et génomique humaine.
GO@L propose des approches de quantification de l’ARN (ARNm, petits ARN, ARNc, isoformes, single-cell, spatial) de manière ciblée ou au niveau du génome pour des analyses d’expression différentielle, des approches d’identification et de quantification des anomalies de l’ADN (target-Seq, WES, WGS), des approches de régulation de l’expression des gènes (DNAse-Seq, méthylation). GO@L a aussi développé une spécialisation autour de la génomique microbienne avec des applications de séquençage de génomes entiers de bactéries et de virus, des applications de RNA-seq classiques et dédiées telles que du ‘dual RNA-seq, du ‘differential RNA-seq’ et du RNA-seq full-length (Long Reads) et enfin un pipeline complet d’études en métagénomique ciblée.
L’équipe de GO@L est composée pour moitié de biologistes moléculaires spécialisés dans le haut débit et pour moitié de bioanalystes et bioinformaticiens experts dans l’analyse des données générées et le développement de solutions dédiées.
Expertise
- Séquençage et reséquençage de génomes entiers (humains, bactéries, parasites, virus),
- Reséquençage d'exomes humains de diverses qualités (FFPE, PBMC),
- Séquençage ciblé (amplicons, captures),
- RNA-Seq, 3’RNA-Seq et sRNA-Seq (humains, souris, bactéries),
- RNA-seq full-length (Long Reads).
- Identification des sites de transcription (TSS) par RNA-Seq,
- scRNA-Seq (10X genomics, tapestri),
- Transcriptomique spatiale (10X Visium),
- Métagénomique ciblée 16S,
- qRT-PCR
Equipements
- Nova-Seq 6000 Illumina,
- MiSeq Illumina,
- MinION, Promethion2 Oxford Nanopore Technologies.
- Chromium 10X Genomics,
- Tapestri
Bioinformatique
Analyse bioinformatique : GO@L a développé, pour ses projets collaboratifs, une expertise d’analyse associée aux applications proposées par la plateforme. En caractérisation génomique : alignement sur référence, assemblage, détection et annotation de variants, étude de transmission mendélienne, étude de clonalité, analyse du nombre de copies (CNV). En transcriptomique : DGE, analyse de l’épissage des ARN, prédiction/découverte de gènes. En métagénomique ciblée : assignation taxonomique, évaluation de la diversité, mesure de dysbiose.
Principales réalisations
La majeure partie de l’activité de GO@L est réalisée en collaboration avec les laboratoires de recherche utilisateurs. GO@L a ainsi été partenaire dans de nombreux projets d’envergure financés par les grands organismes de financement (ANR, ERC, H2020, …). Dans cette collaboration, le laboratoire de recherche dirige généralement le projet et la plateforme GO@L soutient le projet en apportant son expertise et son savoir-faire et elle est a ce titre généralement associée aux publications issues de la collaboration. . Cependant, de temps en temps, notre plateforme est maître d’œuvre d’un projet et effectue elle-même un travail, bien souvent sur le développement et l’application de méthodes ou de protocoles (D’halluin et al., 2025 ; Amman et al, 2018; Siegwald et al., 2017; Hot et al., 2011) ou sur le développement ou l’amélioration de solutions bioinformatiques (CuReSim-LoRM (Mesloub et al., 2023), V-ASAP (Maurier et al, 2019), DiNAMO (Saad et al., 2018), cghRA (Mareschal et al. 2017), MICRA (Caboche et al, 2017), MPAgenomics (Grimonprez et al. 2014), vidjil (Giraud et al., 2014), WACA (Leprêtre et al., 2010)). Plusieurs revues d’opinion ont également été publiées par la plateforme sur ses domaines d’expertise et leurs perspectives ( Audebert et al., 2018 ; Caboche et al., 2014(a); Caboche et al., 2014(b); Audedert et al., 2014; Jardin et al., 2013).
mise à jour Février 2025
Certification / Assurance qualité
Labels
Go@l est labelisée IBISA
Responsables de la Plateforme
Martin Figeac
David HOT
PLBS UAR 2014-US 41
Pôle Recherche,
1 place de Verdun
59045 Lille cedex
Contacts
