Plateforme de séquençage de Lille Go@l
GO@L (GenOmique @ Lille) est la plateforme de génomique de l’unité PLBS (UAR2014-US41). Elle fournit un large éventail de solutions et d’expertises dans le domaine de la génomique à haut débit. Les approches techniques utilisées s’appuient principalement sur le séquençage à haut débit et les puces à ADN. Issue du rapprochement de deux entités spécifiques et établies de longue date, TAG (Transcriptomic and applied genomic) et GFS (Génomique fonctionnelle et structurale), la plateforme a développé au fil des années une expertise reconnue en microbiologie et génomique humaine.
GO@L propose des approches de quantification de l’ARN (ARNm, petits ARN, ARNc, isoformes, single-cell, spatial) de manière ciblée ou au niveau du génome pour des analyses d’expression différentielle, des approches d’identification et de quantification des anomalies de l’ADN (target-Seq, WES, WGS), des approches d’interactions ADN-ADN, ADN-ARN et de régulation de l’expression des gènes (ChIP-Seq, RIP-Seq, DNAse-Seq, méthylation). GO@L a aussi développé une spécialisation autour de la génomique microbienne avec des applications de séquençage de génomes entiers de bactéries et de virus, des applications de RNA-seq classiques et dédiées telles que du ‘differential RNA-seq’ et 5’RACE-NGS et enfin un pipeline complet d’études en métagénomique ciblée.
L’équipe de GO@L est composée pour moitié de biologistes moléculaires spécialisés dans le haut débit et pour moitié de bioanalystes et bioinformaticiens experts dans l’analyse des données générées et le développement de solutions dédiées.
Expertise
- Séquençage et reséquençage de génomes entiers (humains, bactéries, parasites, virus),
- Reséquençage d'exomes humains de diverses qualités (FFPE, PBMC),
- Séquençage ciblé (amplicons, captures),
- RNA-Seq, 3’RNA-Seq et sRNA-Seq (humains, souris, bactéries),
- 5'-RACE-NGS (RNA-Seq full-length),
- Identification des sites de transcription (TSS) par RNA-Seq,
- scRNA-Seq (10X genomics, tapestri),
- spatial transcriptomique (10X visium),
- Métagénomique ciblée 16S,
- DGE Microarray (Agilent Technologies),
- DGE sans amplification (technologie NanoString),
- qRT-PCR
Equipements
- Nova-Seq 6000 Illumina,
- MiSeq Illumina,
- Chromium 10X Genomics,
- Tapestri
- Système de puce à ADN Agilent,
- NanoString,
- MinION Oxford Nanopore Technologies.
Bioinformatique
Analyse bioinformatique : GO@L a développé, pour ses projets collaboratifs, une expertise d’analyse associée aux applications proposées par la plateforme. En caractérisation génomique : alignement sur référence, assemblage, détection et annotation de variants, étude de transmission mendélienne, étude de clonalité. En transcriptomique : DGE, analyse de l’épissage des ARN, prédiction/découverte de gènes, RNA-IP. En métagénomique ciblée : assignation taxonomique, évaluation de la diversité, mesure de dysbiose.
- WACA, cghRA : Normalisation et analyse quantitative des anomalies du nombre de copies (doi: 10.1093/nar/gkp1215, doi: 10.1093/bioinformatics/btx309)
- MICRA : Pipeline d’analyse automatique de séquençage de génomes entiers, caractérisation de génomes bactériens (doi: 10.1186/s13059-017-1367-z)
- DiNAMO : Identification des erreurs de séquençage (doi: 10.1186/s12859-018-2215-1)
- V-ASAP : Outils d’assemblage amplicon-seq sur génome viral sans référence (doi: 10.1016/j.jcv.2019.104206, doi: 10.1016/j.virol.2019.03.006)
Principales réalisations
La majeure partie de l’activité de GO@L est réalisée en collaboration avec un laboratoire de recherche. GO@L a ainsi été partenaire dans de nombreux projets d’envergure financés par les grands organismes de financement (ANR, ERC, H2020, …). Le laboratoire de recherche dirige généralement le projet et la plateforme GO@L soutient le projet en apportant son expertise et son savoir-faire. Cependant, de temps en temps, notre plateforme est maître d’œuvre d’un projet et effectue elle-même un travail, généralement sur le développement et l’application de méthodes ou de protocoles (Siegwald et al., 2017; Hot et al., 2011; Amman et al, 2018) ou sur le développement ou l’amélioration de solutions bioinformatiques (WACA (Leprêtre et al., 2010), MPAgenomics (Grimonprez et al. 2014), vidjil (Giraud et al., 2014), MICRA (Caboche et al, 2017), cghRA (Mareschal et al. 2017), DiNAMO (Saad et al., 2018), V-ASAP (Maurier et al, 2019)). Plusieurs revues d’opinion sur la réalité du terrain et sur les perspectives du domaine ont également été publiées par la plateforme (Jardin et al., 2013 ; Caboche et al., 2014(a); Caboche et al., 2014(b); Audedert et al., 2014; Audebert et al., 2018).
mise à jour Février 2022
Certification / Assurance qualité
Labels
Go@l est labelisée IBISA
Responsables de la Plateforme
Martin Figeac
David HOT
PLBS UAR 2014-US 41
Pôle Recherche,
1 place de Verdun
59045 Lille cedex
Contacts
