Expertise et équipements

La plateforme fait apparaître une forte expertise en génomique, épigénomique et métagénomique. Les modèles biologiques sont variés (micro-organismes, plantes, animaux) donnant un caractère généraliste à de nombreux outils.

Une liste exhaustive peut être consultée ici

Formations

La plateforme AuBi contribue à la formation initiale du Master Bioinformatique ainsi qu’à la formation continue en proposant des formations dans le cadre du Service de Formation du Personnel UCA.

Développements

Les bases de données développées par les laboratoires de la plateforme AuBi sont accessibles ici.
Les outils développés par les laboratoires de la plateforme AuBi sont accessibles ici.

Principales réalisations

Le Mésocentre Clermont Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par BioMAJ. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, …) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy.

La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l’interface BioMAJWatcher. Si vous avez besoin d’une banque de données publique non disponible ou d’index spécifiques, merci d’envoyer un ticket a support.dsi@uca.fr en précisant le nom de la banque et l’adresse URL de téléchargement (ftp si possible) ou le format de l’index désiré.

Un service web Galaxy de bioanalyse est hébergé et administré par le Mésocentre Clermont-Auvergne pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique, … La demande d’ouverture de compte se fait en ligne.

Un service web OMERO  pour le stockage d’images et des metadonnées associées est hébergé par le Mésocentre Clermont-Auvergne. Le projet est initié par le GReD et toute demande de renseignements est à adresser à clic.gred@uca.fr.

mise à jour Février 2022