InforBio (anciennement ARTbio) est la plateforme bioinformatique de l’Institut de Biologie Paris Seine, un institut de recherche de 600 membres situé sur le campus Jussieu de Sorbonne Université. L’objectif principal de InforBio est d’aider les chercheurs à analyser des données biologiques et médicales en tirant parti d’outils et de méthodologies bioinformatiques de pointe. La plateforme fonctionne à travers trois piliers principaux : l’analyse de données (services d’analyse, projets collaboratifs), le transfert de compétences analytiques (journées de formation individuelles ou collectives, cliniques d’analyse de données) et le développement d’outils (création d’outils, de workflows, d’environnements d’analyse, de solutions de stockage, etc.). La plateforme est ouverte à tous les chercheurs et équipes travaillant en biologie ou en médecine.

Expertise

Nous disposons d’une expertise fondamentale dans les approches de séquençage à haut débit (génomique, épigénomique et transcriptomique). Nous utilisons des pipelines bioinformatiques, des approches d’apprentissage automatique et statistiques à jour pour aborder la grande variété d’applications de nos utilisateurs (par exemple, biologie du développement, cancer, neurosciences, physiologie végétale).

Nous nous concentrons actuellement sur les analyses transcriptomiques single-cell incluant les dernières approches de transcriptomique spatiale.

Nous garantissons la qualité des projets en utilisant les directives FAIR.

Equipements

La plateforme InforBio héberge des services de stockage d’une capacité de 1 Po et des services web : Le serveur public Mississippi Galaxy ainsi que les serveurs Galaxy, Rstudio et Jupyterhub dédiés aux projets InforBio.

Développement

• Metavisitor,  un ensemble d’outils Galaxy pour la détection simple et rapide de virus dans les données de séquençage à grande profondeur.
• GalaxyKickStart, un playbook Ansible pour le déploiement automatisé des serveurs Galaxy.
•  Les outils et worflows d’ARTbio Galaxy sont en accès libre dans notre dépôt ARTbio/tool-artbio GitHub ainsi que dans le principal toolshed de Galaxy.

Mise à jour : Jan 2025