Plateforme de bio-informatique de Montpellier ATGC
Expertise
- Transcriptome, Traductome : Analyse différentielle d'expression des gènes à partir de données RNA-seq, Polysome-sequencing
- Traductome : analyse de données Ribo-seq, identification ORFs
- Assemblage de transcriptome de novo (RNA-seq)
- Correction hybride de long reads DNA-seq ou RNA-seq
- Metabarcoding: analyse de placement phylogénétique des lectures
- Analyses génomiques : recherche de mutations, identification des origines de réplication
Equipements
- Serveur du mésocentre de l'université de Montpellier (MESO@LR)
- Serveur de calcul interne 124 gigaoctets de mémoire, 16 coeurs
- Baie disque 50 teraoctets
La plateforme est servie par 2 ingénieurs et bénéficie de l’appui technique du LIRMM
Principales réalisations
Logiciels
- Logiciels pour la génomique : dipwmsearch, LoRDEC, LoRMA, CRAC, MPSCAN, Motif, MSAlign, STAR
- Logiciels de métagénomique / métabarcoding: IPK, EPIK, SHERPAS, PEWO
- Logiciels d’analyse phylogénétique: PhyML, FastME, SMS, BIONJ, AquaPony
- Logiciels pour le traductome : RSCURS (analyse biais usage du condosn).
Projets
- Transcriptome et traductome conjoint pour la cancérologie
- Analyse de séquençage d’origines de réplications (similaire ChIP-seq)
- Analyses génomiques ou assemblage pour diverses espèces : algue, souris, café, esturgeon, plantes
-
Mise à jour Mars 2025
Labels
Institut Français de Bioinformatique (IFB)
France Génomique
IBISA
RENABI
Cancéropôle Grand Sud Ouest
Responsables de la Plateforme
Eric Rivals, Stéphane Guindon
Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM)
CNRS, Université de Montpellier
Contacts
Eric Rivals : atgc-hts@lirmm.fr
tel : 04 67 41 86 64
En savoir plus
