Data management et processing

ToulligQC est dédié aux analyses QC des runs d’Oxford Nanopore (ONT). Ce logiciel est écrit en Python et développé par la plateforme GenomiqueENS de l’Institut de Biologie de l’Ecole Normale Supérieure (IBENS).

Cet outil produit un ensemble de graphiques, un fichier de statistiques en format texte et un rapport HTML à partir du résumé de séquençage et les fichiers de télémétrie de séquençage générés par Guppy, le basecaller officiel d’ONT.

ToulligQC est adapté au RNA-Seq ainsi qu’au DNA-Seq et il est compatible avec les runs 1D². ToulligQC peut également prendre des échantillons de barcoding en ajoutant la liste des codes-barres comme option de ligne de commande.