Plateforme bio-informatique de l’Institut Curie de Paris (CUBIC)
Activités
La Plateforme de Bioinformatique de l’Institut Curie (CUBIC) est composée d’une vingtaine de bioinformaticiens, biostatisticiens et ingénieurs logiciels, qui offrent une expertise multidisciplinaire et apportent un support aux plateformes biotechnologiques de Curie Core Tech, ainsi qu’aux unités de recherche et à l’hôpital dans leurs activités quotidiennes. Nos compétences couvrent la gestion et l’analyse de données, le développement logiciel et le calcul scientifique. Nous avons cinq missions principales : (1) intégration de données et connaissances, (2) support collaboratif aux biologistes et cliniciens pour l’analyse bioinformatiques et biostatistiques de données, (4) support au calcul scientifique et (5) coordination des activités bioinformatiques au sein de l’Institut Curie.
Expertise
- Analyses bioinformatiques et biostatistiques de données omiques et cliniques obtenues à partir de technologies haut débit telles que le séquençage haut-débit, les approches en cellules uniques, la spectrométrie de masse ou le phénotypage cellulaire.
- Développement, maintenance et exploitation de pipelines bioinformatiques pour le traitement des données issues des plateformes biotechnologiques, incluant les contrôles qualité et un premier niveau d’analyse.
- Mise en place d’un système d’information pour le partage de données et de connaissances, la requête de données, la visualisation et l’analyse de données biomédicales.
- Recherche et développement de nouvelles méthodes biostatistiques/IA et d’outils bioinformatiques
- Support au calcul scientifique, optimisation des pipelines bioinformatiques
Services
- Analyse de données bioinformatiques et biostatistiques, incluant mais non limités à la recherche clinique, l’épigénomique, l’analyse en cellule unique, la spectrométrie de masse, le phénotypage cellulaire
- Gestion de données
- Formations en bioinformatique et biostatistique
- Ingénierie logicielle, calcul scientifique, optimisation de pipeline
- Environnement d’accès aux logiciels d’analyse développés en interne
Equipements
L’activité de la Plateforme repose sur une importante infrastructure informatique, gérée par le département des systèmes d’information de l’Institut Curie avec un système de plusieurs Petabytes de stockage, un cluster de calcul avec plusieurs milliers de cœurs, ainsi que des postes de travail personnalisés pour chaque personne du groupe.
Certification / Assurance qualité
ISO9001 et NFX50-900 (conjointement avec la Plateforme de séquençage ICGex)
Responsables de la Plateforme
Dr Emmanuel Barillot, Directeur
Dr Philippe Hupé, Co- Directeur
Dr Nicolas Servant, Co-directeur
Institut Curie,
26 rue d’Ulm,
75248 PARIS cedex 05
U900 Institut Curie – INSERM
Contacts
Emmanuel Barillot : emmanuel.barillot@curie.fr
Philippe Hupe : philippe.hupe@curie.fr
Nicolas Servant: nicolas.servant@curie.fr
En savoir plus
