Cartographie des sites d’initiation de la transcription : TSS seq
Le site d’initiation de la transcription (en anglais, transcription start site, TSS) est le premier nucléotide de l’ADN qui est transcrit en ARN (Fig1). Il est difficile de déterminer sa position exacte par bioinformatique, mais il existe plusieurs méthodes expérimentales pour le localiser, notamment le séquençage à haut débit.
Le protocole de cartographie des TSS utilise la TAP ou « Tobacco Acid Pyrophosphatase », enzyme permettant la conversion des extrémités 5’PPP des ARNs natifs en extrémités 5’P, compatibles avec la ligation d’adaptateurs (Fig2).
L’étude est réalisée en comparant les résultats de séquençage des extrémités 5’ des ARN traités ou non par la TAP. Sans traitement, le séquençage donnera accès à tous les ARNs (ARN messagers en cours de dégradation ou matures) à l’exception de ceux dont l’extrémité 5’ est native. Après traitement à la TAP, les mêmes séquences seront obtenues, avec en plus les séquences des ARNs natifs (S Cho et al.) .
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