Cartographie des sites d’accessibilité de la chromatine : FAIRE seq
FAIRE seq (Formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements) permet d’étudier l’accessibilité de la chromatine par déplétion des nucléosomes. Ces régions de faibles densité en nucléosomes, non liées à des histones, sont identifiées comme régulatrices du génome ( site de fixation de facteurs de transcription , promoteurs ….)
Le principe de la méthode consiste à traiter l’échantillon au formaldéhyde afin de fixer de façon covalente les protéines et l’ADN , préférentiellement les histones plutôt que les facteurs régulateurs du génome. Après fragmentation par sonication, une extraction au Phénol chloroforme permet d’isoler l’ADN « libre » dans la phase aqueuse, les protéines et nucléosomes se retrouvent dans la phase organique.
En pratique , il est bon de prévoir un échantillon contrôle comme référence du génome entier: soit par prélèvement d’un aliquote après fixation qui subirait un « decrosslink » à 65°C soit à partir d’un aliquote qui subirait toute les étapes sauf le traitement au formaldéhyde (Rodrigez-Gil et al. 2018).
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