Séquençage à « longues lectures ONT »
La technologie de séquençage proposée par ONT (Oxford Nanopore Technologies) est basée sur la détection d’un courant différentiel lors du passage d’une molécule unique linéaire à travers un nanopore biologique ancré dans une membrane synthétique. Le nanopore est un capteur de flux ionique qui varie selon l’encombrement stérique du composé qui le traverse, ce qui permet d’identifier la séquence d’un brin l’ADN sur une grande longueur (jusqu’à plusieurs Mb) quelque soit sa composition en éléments répétés, en régions riche en GC ou methylées. Cette technique est efficcace pour le séquençage de novo ou la détection de variants structuraux ou de mettre en évidence certains éléments d’héritabilité jusque là manquants (Logsdon GA et al. 2020).
Pour générer des lectures longues voire très longues (>100kb), il faut privilégier une méthode d’extraction d’ADN de haut poids moléculaire. Plusieurs choix s’offrent pour la préparation des banques. La première étape est une fragmentation mécanique (tube g) ou enzymatique (transposase). Les fragments indexés sont ligués à des adaptateurs associées à un complexe «moteur» qui permet de moduler la vitesse de passage du brin d’ADN à travers le pore et à une séquence « attache» qui facilité la convergence des brins d’ADN vers l’entrée d’un pore.
