BioConvert: un outil de conversion de données génomique
Développé par les plateformes « Biomics » et « Bioinformatique et Biostatistique » de l’institut Pasteur, BioConvert (https://gitlab.pasteur.fr/salsa/bioconvert.) vise à répondre à la multitude de formats et standards bioinformatiques qui, s’ils sont parfois complémentaires, sont souvent redondants et posent un défis pour l’analyse de data.. BioConvert facilite la conversion des données des sciences de la vie d’un format à l’autre en regroupant les logiciels existants dans un cadre unique et les complète avec du code original lorsque cela est nécessaire. Il fournit une interface commune pour simplifier l’analyse. Actuellement, BioConvert prend en charge une cinquantaine de formats et une centaine de conversions directes dans des domaines tels que l’alignement, le séquençage, la phylogénie et l’appel de variants. Outre son utilité pour les utilisateurs, BioConvert peut également être déployé par les développeurs comme cadre de référence universel pour évaluer et comparer de nombreux outils de conversion.
Enfin, BioConvert offre une interface web qui peut être installée sur des serveurs web. Une version est disponible à l’adresse bioconvert.pasteur.cloud.
Pour plus d’information: H Caro et al. NAR Genomics & Bioinformatics 5(3) ; 2023
