Appel à lettres d'intention 2021

Appel à lettres d'intention
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Appel à lettres d'intention 2021

«Grands Projets de Séquençage et d’analyse bioinformatique»

France Génomique a une mission de service auprès de la communauté scientifique dans le domaine de la génomique. Cette mission comporte notamment l’établissement de séquences de référence de génomes présentant un intérêt particulier pour la recherche fondamentale ou appliquée, ainsi que l’application de méthodes de séquençage à haut débit requises dans des approches pouvant être comparatives ou fonctionnelles dans les domaines de la génomique humaine ou environnementale ou de la métagénomique.

Dans le cadre de cette mission, France Génomique consacrera en 2022 une partie de sa capacité de séquençage et de calcul informatique, et des expertises associées, à la réalisation de quelques grands projets ambitieux. Ces projets seront soumis par des laboratoires de la Recherche Publique (CNRS, INSERM, INRAe, CEA, CIRAD, IRD, Laboratoires Universitaires, Fondations…), et seront réalisés par les plateformes nationales du CEA (Genoscope et CNRGH). Les projets peuvent également impliquer des laboratoires partenaires étrangers, notamment européens. Les coûts de fonctionnement de ces projets (parties laboratoire et calcul informatique) peuvent être en partie pris en charge par France Génomique. Seuls des projets partiellement financés par d’autres moyens peuvent être examinés, compte tenu des moyens disponibles pour cet appel d’offres. Un critère important de sélection sera la dimension supplémentaire que ce financement complémentaire par FG permettra de donner au projet.

Ces projets seront développés en collaboration avec le CEA (département Genoscope ou CNRGH, selon la nature des projets) et encadrés par un contrat de collaboration. Les données résultant de cette collaboration seront détenues conjointement par les partenaires qui conviendront des modalités de diffusion et d’éventuelle prise de protection intellectuelle, en accord avec les instances de tutelle et les usages en vigueur dans la communauté scientifique. En particulier, les données seront mises dans le domaine public (pour les projets de génomique humaine, dans la limite de la RGPD et des consentements). Les séquences assemblées seront soumises dans les banques de données publiques après avoir été remises par FG aux collaborateurs, conformément aux règles internationales, dans un délai à définir pour chaque projet.

Les projets doivent être ambitieux et porter sur le séquençage de novo de grands génomes complets, le séquençage d’un nombre élevé d’individus d’espèces dont le génome de référence est connu, et plus généralement de collections d’ADN ou de transcrits nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle provenant d’organismes présentant un intérêt majeur sur le plan scientifique, médical ou économique. Des projets impliquant des populations d’organismes (métagénome, diversité biologique), projets de génomique environnementale et génomique des populations sont encouragés, ainsi que des projets innovants permettant d’explorer des évolutions technologiques et/ou scientifiques émergentes.

Cet appel concerne exclusivement des projets nécessitant un grand volume de séquençage (environ 100-200 k€ en réactifs de séquençage demandés, complétés par le financement obtenu par ailleurs).

Les demandes de renseignements complémentaires peuvent être adressées à help-gp21@france-genomique.org

Les projets sont à soumettre en anglais, à l’aide de ce formulaire: aap2021-gp-applicationform, à l’adresse suivante : grandsprojets21@france-genomique.org.