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Développement

Un plan stratégique triennal nous permet de planifier les demandes de financement et les développements technologiques à mettre en œuvre. Les développements sont motivés par (i) la demande des clients, (ii) une veille scientifique permettant aux chercheurs et ingénieurs seniors de rester en phase avec l’évolution du domaine (iii) des réunions régulières avec les chercheurs associés permettant le partage d’informations (iii) des webinars et le workshop France Genomique qui permettent de tirer profit des différentes approches. Le TGML se consacre ainsi au développement de méthodes à noyau unique qui apportent une flexibilité importante pour les expériences sur cellules uniques avec des cellules fragiles d’une part, et pour toutes les approches multi-omiques d’autre part (par exemple, scRNA-seq et ATAC-seq simultanés). Un autre développement concerne l’utilisation de cellules fixées afin d’éliminer les biais dus au stress cellulaire lors de la décongélation pour les expériences sur cellules uniques. Parallèlement à l’analyse de cellules uniques, la transcriptomique spatiale devient une méthode complémentaire pour résoudre la complexité des organes ou des tissus. Suite à l’acceptation de l’appel d’offre Projet Emergencel (Cancéropole PACA), dans lequel D. Puthier est partenaire, le TGML est également impliqué dans un projet de transcriptomique spatiale : « Spatial mapping of gene expression to decipher the thymic crosstalk upon T-cell Acute Lymphoblastic Leukemia development », utilisant la technologie Visium (10X genomics), en collaboration avec M. Irla (CIML, Marseille) et A. Sergé (LAI, Marseille). L’objectif est de mieux comprendre les modalités de développement des leucémies aiguës à cellules T dans le thymus et les interactions existantes avec le microenvironnement stromal. Enfin, un projet de développement multi-omique (scRNA-Seq + scATAC-seq) est actuellement en discussion avec C. Maurange (Inmed, Marseille).

Principales réalisations

Sur les 5 dernières années, la plateforme a accepté une moyenne de 35 projets par an pour un nombre moyen d’échantillons annuels de 600. Pour 2021, nous avons doublé le nombre de projets et d’échantillons prévus par rapport à la moyenne des 5 dernières années pour la même période. Les principaux services proposés sont des analyses du transcriptome (par exemple RNA-seq, scRNA-seq, miRNA-seq), du génome (par exemple DNA-seq : SNPs, small/large InDels, exome complet, séquençage ciblé après capture) et de l’épigénome (par exemple ChIP-seq, Mnase-seq, FAIRE-seq). Ces services comprennent des analyses bioinformatiques de la qualité des données. De plus, le TGML dispose d’une expertise significative en bioinformatique ( ex; MetaWorkflow, est basé  Snakemake (mw-lib), offre une interface simple sous forme de tableau de métadonnées permettant au biologiste d’appliquer des traitements de routine, tout en améliorant la traçabilité des analyses). A la demande du client (5x/an en moyenne), les workflows de routine développés en interne peuvent être facturés. Les analyses dédiées sont réalisées au cas par cas.

Principaux projets
1/ Promoteurs avec activité d’enhancement : un nouveau mécanisme de régulation :
– PI : Salvatore Spicuglia, TAGC, Marseille. – Financement : INCa, ANR, Ligue, Amidex.
Publications (DP : Denis Puthier, LB : Lisa Bargier, BL : Béatrice Loriod, HV : Hortense Vachon).
– Dao, L.T.M et al., 2017. Nat. Genet. 49, 1073-1081 – DP
– Alomairi, J et al., 2020. PLoS ONE 15, e0233191 – DP
– Gutiérrez-Reyna et al., 2020. Front. Immunol. 11, 1089 – BL, DP
– Medina-Rivera, A. et al., Trends Biochem. Sci. 43, 452-468 – DP (revue)

2/ Le variant d’histone H2AL2 et son rôle dans l’incorporation de la protamine
– PI : Saadi Khochbin, IAB, Grenoble. – Financement : INCa, ARC, ANR, FRM.
Publications (DP : Denis Puthier, LB : Lisa Bargier, BL : Béatrice Loriod, HV : Hortense Vachon, FN;Nicolas Fernandez-Nunez)
– Barral, S. et al. 2017. Mol. Cell 66, 89-101.e8 – DP, FN
– Goudarzi, A et al. 2016. Mol. Cell 62, 169-180 – DP
– Shiota, H. et al., 2018. Cell Rep. 24, 3477-3487.e6 – DP
– Hoghoughi, N. et al, 2020. Cells 9 – DP

3/ L’épigénomique du développement des cellules T et le rôle des gènes HOXA dans la leucémie lymphoblastique aiguë à cellules T (Vahid Asnafi, Institut Necker-Enfants Malades).
Publications (DP : Denis Puthier, LB : Lisa Bargier, BL : Béatrice Loriod, HV : Hortense Vachon, FN ; Nicolas Fernandez-Nunez)
– Bond, J. et al. 2016. Haematologica 101, 732-740.
– Bond, J. et al. 2018. Mol. Cancer Res. 16, 470-475.
– Cieslak, A. et al., 2020. J. Exp. Med. 217 – DP
– Touzart, A. et al., Clin. Cancer Res. 25, 2483-2493 – DP

4/ Le rôle des ARN Longs Non-Codants dans le développement des cellules T (D. Puthier, TAGC)
– PI : Denis Puthier, TAGC, Marseille
– Financement : ANR, ARC, AMU, Hubert Curien
Publications (DP : Denis Puthier, LB : Lisa Bargier, BL : Béatrice Loriod, HV : Hortense Vachon, FN : Nicolas Fernandez-Nunez).
– Kermezli, Y. et al, 2019. Leuk. Lymphoma 60, 2002-2014 – DP
– Saadi, W. et al, S., 2019. Sci. Rep. 9, 4707. BL, DP

5/ Prédire l’issue septique chez les patients subissant une autogreffe de cellules souches.
– PI : Regis Costello (Assistance Publique des Hôpitaux de Marseille)
– Financement : INSERM, AMU, Advanced BioDesign
Publications (DP : Denis Puthier, LB : Lisa Bargier, BL : Béatrice Loriod, HV : Hortense Vachon, FN ;
Nicolas Fernandez-Nunez)
– Labiad, Y. et al., 2018. Exp. hématol. 65, 49-56 – BL, FN
– Venton, G. et al., 2016. Immunol. Res. 64, 1225-1236 – BL, FN

Mise à jour Nov 2021