Plateforme bio-informatique de l’Institut Pasteur de Paris
Missions
La plateforme de bio-informatique de l’Institut Pasteur associe le Centre d’Informatique pour la Biologie (CIB) et la plateforme de Bioanalyse Génomique (PFBaG). Ses missions incluent la mise à disposition d’outils et d’expertise bio-informatiques, et un accompagnement à l’interprétation biologique des données générées par les projets de recherche en génomique. Le CIB propose de nombreuses ressources bio-informatiques et prend en charge les volets informatiques des nouveaux développements, tandis que PFBaG fournit une expertise bio-informatique et propose des stratégies d’analyse originales.
Expertise
En interaction étroite avec les plates-formes « humides » de la Genopole Pasteur, la plateforme propose ses compétences pour la plupart des applications liées au séquençage à haut débit (recherche de variants, identification d’agents infectieux, analyses RNA-Seq et ChIP-Seq, etc.).
Equipements
- 40 banques de données pour un volume total de 4,7 To (EMBL, GenBank, RefSeq, UniProt, PDB, etc.)
- 230 paquetages logiciels regroupant environ 1 350 programmes référencés selon l’ontologie EDAM au sein d’un site mutualisé (bioweb2.pasteur.fr) ; ils sont exécutés sur une grappe de calcul centrale au niveau de l’Institut Pasteur
- Mobyle : portail d’accès convivial aux logiciels bio-informatiques (mobyle.pasteur.fr) ; ce portail est ouvert à la communauté, ce qui en fait un service comparable à ceux fournis par le NCBI, l’EBI ou le SIB ; en 2011, 360 069 jobs ont été lancés par 40 000 utilisateurs
- De nombreux autres outils majeurs à disposition : Galaxy, GBrowse…
Principales réalisations
La plate-forme prend en charge chaque année une dizaine de projets pour PFBaG et une trentaine pour le CIB.
Labels
Labélisation IBiSA 2010 (plate-forme régionale APLIBIO).
Responsables de la Plateforme
Marie Agnes DILLIES
Hervé MENAGER
Institut Pasteur
28 rue du Docteur Roux
75724 PARIS Cedex 15
Contacts
bioinfo@pasteur.fr
bionfo-ask@pasteur.fr
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