Plateforme de séquençage de génomique Paris-Centre – Institut Curie
La plateforme de séquençage haut-débit de l’Institut Curie mise en place en 2007 a connu un essor important en 2012 lors de l’obtention d’un label Equipex (ICGex pour Institut Curie Génomique d’Excellence). Depuis lors, elle n’a cessé d’accroître son débit et son expertise et réalise actuellement plus de 500 projets par an soit près de 70Tb d’ADN séquencés et analysés.
En lien direct avec les cliniciens de l’hôpital et les chercheurs du centre de recherche, la plateforme ICGex se caractérise par un positionnement fort en cancérologie (recherche fondamentale et translationnelle) qui requière la maîtrise d’une grande diversité d’applications.
La plateforme ICGex est ouverte à la communauté scientifique sous forme collaborative et propose son expertise via le réseau national France Génomique.
Expertise
La plateforme propose la prise en charge de projets de séquençage incluant la préparation des banques et le séquençage mais aussi le séquençage direct de banques préparées par les collaborateurs.
– En génomique, des protocoles permettant le séquençage de génomes entiers (WGS) ou le reséquençage ciblé de l’exome complet (WES) et de panels de gènes sont implémentés et proposés à la communauté à partir d’ADN génomique ou encore d’ADN circulant.
– En transcriptomique, le séquençage d’ARN (RNAseq) est un axe fort regroupant près d’une dizaine de protocoles différents afin de répondre à la diversité des besoins. Si la majorité des projets concerne des protocoles standards ciblant les ARNm ou les ARN totaux après ribodépletion, des protocoles adaptés aux échantillons dégradés (FFPE) et aux faibles quantités sont aussi supportés.
– En épigénomique, la plateforme propose des approches de ChIP-seq afin de caractériser les marques d’histones et les sites de fixation de facteurs de transcription. La plateforme est aussi souvent amenée à séquencer des banques d’ATACseq visant à identifier les régions ouvertes de la chromatine et des banques d’HiC qui permettent d’étudier la conformation de la chromatine au sein du noyau
– Concernant l’analyse de cellules uniques, la plateforme a implémenté les principales applications disponibles sur le système chromium (10X Genomics) : gene expression 3’ et 5’ (scRNAseq), l’immune profiling (VDJseq), le snATACseq ainsi que le multiome qui intègre snRNAseq et snATACseq. La spatial transcriptomics basée sur la technologie Visium (10X Genomics) est elle aussi proposée en collaboration avec la plateforme de pathologie expérimentale de l’hôpital (Pathex).
– En séquençage de 3ème génération, le SMRTseq (Single Molecule Real Time SEQuencing) proposé par Pacific Biosciences (PacBio) est disponible à la plateforme. Le Sequel IIe, permet de produire de longues séquences (10-20kb) de très haute qualité (HiFi reads technology). Des protocoles de séquençage d’ARN pleine longueur (IsoSeq) ont été mis en place ainsi que des approches génomiques de séquençage ciblé (capture ou amplicons) et séquençage de génome entier (WGS).
Recherche et développement
La plateforme est fortement engagée dans la mise en place du séquençage long read HiFi dans le domaine de la recherche en cancérologie. Plusieurs projets de preuve de concept sont en cours autour de la caractérisation des SV dans la susceptibilité génétique au cancer, la recherche de néoantigènes en immunologie et de transcrits de fusion en cancérologie ou encore la caractérisation d’insertions virales dans les tumeurs. La mise en place du long read à l’échelle du transcriptome de cellules uniques est aussi un domaine d’application en cours de développement au sein de la plateforme.
Nous implémentons en parallèle l’approche Single-cell RNAseq long reads avec le MAS-Seq PacBio. Il s’agit de séquencer des cDNA barcodés (post 10X Genomics) sur Sequel II afin de caractériser les isoformes au sein de chaque cellule unique.
Enfin, nous prévoyons d’implémenter en 2023 la technologie de séquençage Long read Oxford Nanopore, avec les appareils GridION et PromethION P2 solo.
Bioinformatique
Les fichiers bruts de séquençage (fastq) ainsi que les fichiers d’alignement (bam) sont envoyés aux utilisateurs accompagnés d’un rapport de contrôle qualité (html).
Pour une analyse exploratoire des données, il est possible de contacter la plateforme bioinformatique de l’Institut Curie qui pourra vous proposer ses services.
Contact : nicolas.servant@curie.fr
Equipements
- 1 séquenceur Illumina très haut-débit : 1 NovaSeq 6000 dédié aux applications nécessitant une grande quantité de données
- 2 séquenceurs Illumina de paillasse : 2 MiSeq utilisés pour des projets nécessitant une faible profondeur de séquençage ou mener des tests de validations de protocoles
- 1 séquenceur Long Read PacBio : 1 Sequel IIe permettant le séquençage de longs fragments (>10kb) et de séquences répétées
- 1 Système Chromium Controller et un Chromium iX de 10X Genomics permettant les analyses en cellules uniques
- Plusieurs systèmes permettant le contrôle qualité des échantillons et des banques : 1 LabChip GXII Touch, 1 BioAnalyzer, 1 Femto Pulse, 1 CFX96 real-time PCR system et 1 Pippin Pulse.
Principales réalisations
CD8+T cell responsiveness to anti-PD-1 is epigenetically regulated by Suv39h1 in melanomas, Nature Communications, Leticia Laura Niborski, Paul Gueguen, Mengliang Ye, Allan Thiolat, Rodrigo Nalio Ramos, Pamela Caudana, Jordan Denizeau, Ludovic Colombeau, Raphaël Rodriguez, Christel Goudot, Jean-Michel Luccarini, Anne Soudé, Bruno Bournique, Pierre Broqua, Luigia Pace, Sylvain Baulande, Christine Sedlik, Jean-Pierre Quivy, Geneviève Almouzni, José L. Cohen, Elina Zueva, Joshua J. Waterfall, Sebastian Amigorena, Eliane Piaggio, (2022 déc 01)
BET and CDK Inhibition Reveal Differences in the Proliferation Control of Sympathetic Ganglion Neuroblasts and Adrenal Chromaffin Cells, Cancers, Jessica Sriha, Caroline Louis-Brennetot, Cécile Pierre-Eugène, Sylvain Baulande, Virginie Raynal, Amira Kramdi, Igor Adameyko, Uwe Ernsberger, Thomas Deller, Olivier Delattre, Isabelle Janoueix-Lerosey, Hermann Rohrer, (2022 juin 01)
DNMT3A-dependent DNA methylation is required for spermatogonial stem cells to commit to spermatogenesis, Nature Genetics, Mathilde Dura, Aurélie Teissandier, Mélanie Armand, Joan Barau, Clémentine Lapoujade, Pierre Fouchet, Lorraine Bonneville, Mathieu Schulz, Michael Weber, Laura G. Baudrin, Sonia Lameiras, Deborah Bourc’his, (2022 avr 01)
Splicing Patterns in SF3B1-Mutated Uveal Melanoma Generate Shared Immunogenic Tumor-Specific Neoepitopes, Cancer Discovery, Jeremy Bigot, Ana I. Lalanne, Francesca Lucibello, Paul Gueguen, Alexandre Houy, Stephane Dayot, Olivier Ganier, Jules Gilet, Jimena Tosello, Fariba Nemati, Gaelle Pierron, Joshua J. Waterfall, Raymond Barnhill, Sophie Gardrat, Sophie Piperno-Neumann, Tatiana Popova, Vanessa Masson, Damarys Loew, Pascale Mariani, Nathalie Cassoux, Sebastian Amigorena, Manuel Rodrigues, Samar Alsafadi, Marc-Henri Stern, Olivier Lantz, (2021 Aoû 01)
STAG2 mutations alter CTCF-anchored loop extrusion, reduce cis-regulatory interactions and EWSR1-FLI1 activity in Ewing sarcoma, Cancer Cell, Didier Surdez, Sakina Zaidi, Sandrine Grossetête, Karine Laud-Duval, Anna Sole Ferre, Lieke Mous, Thomas Vourc’h, Franck Tirode, Gaelle Pierron, Virginie Raynal, Sylvain Baulande, Erika Brunet, Véronique Hill, Olivier Delattre, (2021 juin 01)
Mise à jour : Mars 2023
Labels
IBISA
Diagnostic médical
ISO9001 et NFX50-900
Responsables de la Plateforme
Responsable scientifique :
Olivier Delattre
Responsable opérationnel :
Sylvain Baulande
Référente France Génomique :
Sonia LAMEIRAS
Institut Curie, 26 rue d’Ulm 75248 Paris Cedex 05
Contacts
Sylvain Baulande : Sylvain.Baulande@curie.fr
01 56 24 67 38
Alias de l’équipe : ngs.lab@curie.fr
