Introduction

La plateforme GenomEast est hébergée à l’IGBMC (CNRS / Université de Strasbourg / INSERM). Forts d’une expérience de plus de 20 ans, nous proposons une large gamme de services pour étudier les génomes, leur expression et leur régulation, depuis le contrôle qualité du matériel de départ jusqu’à l’analyse des données. Ces services sont destinés à l’ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.

Equipements

Bioinformatique

Support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (RNA-seq, single cell RNA-seq et ATAC-seq, small RNA-seq, ChIP-seq, Cut&Run, Cut&Tag, ATAC-seq, MEDIP-seq, DNA-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, à travers une collaboration avec les porteurs de projets. Nous avons notamment développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.

Organisation et animation régulière de formations en analyse de données de séquençage haut débit.

Principales réalisations

Au cours des trois dernières années, la plateforme a travaillé sur environ 300 projets/an (correspondant chaque année à environ 3 000 banques séquencées), et les bioinformaticiens de la plateforme ont analysé chaque année environ 150 projets.

Les membres de la plateforme sont co-auteurs de 47 publications au cours des trois dernières années, dont une sélection est listée ci-dessous :

Ramos-Alonso L, Holland P, Le Gras S, Zhao X, Jost B, Bjørås M, Barral Y, Enserink JM, Chymkowitch P. Mitotic chromosome condensation resets chromatin to safeguard transcriptional homeostasis during interphase. PNAS. 2023 ; 120(4):e2210593120.

Abu El Maaty MA, Terzic J, Keime C, Rovito D, Lutzing R, Yanushko D, Parisotto M, Grelet E, Namer IJ, Lindner V, Laverny G, Metzger D. Hypoxia-mediated stabilization of HIF1A in prostatic intraepithelial neoplasia promotes cell plasticity and malignant progression. Science Advances. 2022 ; 8(29):eabo2295.

Zhao X, Hendriks IA, Le Gras S, Ye T, Ramos-Alonso L, Nguéa P A, Lien GF, Ghasemi F, Klungland A, Jost B, Enserink JM, Nielsen ML, Chymkowitch P. Waves of sumoylation support transcription dynamics during adipocyte differentiation. Nucleic Acids Research. 2022 ; 50(3):1351-1369.

Paiva I, Cellai L, Meriaux C, Poncelet L, Nebie O, Saliou JM, Lacoste AS, Papegaey A, Drobecq H, Le Gras S, Schneider M, Malik EM, Müller CE, Faivre E, Carvalho K, Gomez-Murcia V, Vieau D, Thiroux B, Eddarkaoui S, Lebouvier T, Schueller E, Tzeplaeff L, Grgurina I, Seguin J, Stauber J, Lopes LV, Buée L, Buée-Scherrer V, Cunha RA, Ait-Belkacem R, Sergeant N, Annicotte JS, Boutillier AL, Blum D. Caffeine intake exerts dual genome-wide effects on hippocampal metabolism and learning-dependent transcription. The Journal of Clinical Investigation. 2022 ; 132(12):e149371.

Ibrahim A, Papin C, Mohideen-Abdul K, Le Gras S, Stoll I, Bronner C, Dimitrov S, Klaholz BP, Hamiche A. MeCP2 is a microsatellite binding protein that protects CA repeats from nucleosome invasion. Science. 2021 ; 372(6549):eabd5581.

Zhang J, Le Gras S, Pouxvielh K, Faure F, Fallone L, Kern N, Moreews M, Mathieu AL, Schneider R, Marliac Q, Jung M, Berton A, Hayek S, Vidalain PO, Marçais A, Dodard G, Dejean A, Brossay L, Ghavi-Helm Y, Walzer T. Sequential actions of EOMES and T-BET promote stepwise maturation of natural killer cells. Nature Communications. 2021 ; 12(1):5446.

Abu El Maaty MA, Grelet E, Keime C, Rerra AI, Gantzer J, Emprou C, Terzic J, Lutzing R, Bornert JM, Laverny G, Metzger D. Single-cell analyses unravel cell type-specific responses to a vitamin D analog in prostatic precancerous lesions. Science Advances. 2021 ; 7(31):eabg5982.

Mise à jour Avril 2023