ARTbio est la plateforme bioinformatique de l’Institut de Biologie Paris Seine, un institut de recherche de 600 membres situé sur le campus Jussieu de Sorbonne Université. ARTbio est ouverte à tous les biologistes et docteurs de l’IBPS, de Sorbonne Université, de toute structure académique, et des entreprises privées. L’objectif principal d’ARTbio est d’aider les biologistes et les médecins dans leurs approches bioinformatiques nécessaires à l’analyse des big data en génomique, recherche médicale, neurobiologie, imagerie, etc. Cet objectif est abordé à travers 3 axes: Prestations (analyse ou de projets collaboratifs, web en ligne), Enseignement (Accompagnement, journées de formation, séminaires, documentation) et Développement (outils, workflows, environnements d’analyse, stockage, etc).

Expertise

Nous avons une expertise dans les approches de séquençage à haut débit pour étudier la génomique et la régulation des gènes, l’épigénétique, la biologie des petits ARN et la métagénomique des virus.
Nous utilisons les statistiques pour les tests de significativité et la classification en utilisant des approches de type probabilistique, bayésien et d’intelligence artificielle.
Nous nous concentrons actuellement sur l’ARNseq sur cellule unique et les analyses de variants génétiques rares.
Nous garantissons la qualité des projets et une interaction optimale avec les utilisateurs en nous appuyant sur les technologies d’Intégration Continue et les directives AGILE.

Equipements

La plateforme ARTbio héberge des services de stockage d’une capacité de 50 To et des services web : Le serveur public Mississippi Galaxy ainsi que les serveurs Galaxy, Rstudio et Jupyterhub dédiés aux projets ARTbio.

Développement

• Metavisitor,  un ensemble d’outils Galaxy pour la détection simple et rapide de virus dans les données de séquençage à grande profondeur.
• GalaxyKickStart, un playbook Ansible pour le déploiement automatisé des serveurs Galaxy.
•  Les outils et worflows d’ARTbio Galaxy sont en accès libre dans notre dépôt ARTbio/tool-artbio GitHub ainsi que dans le principal toolshed de Galaxy.