AmpliSeq (régions d’intérêt, exome, SSRs)
AmpliSeq est une méthode, rapide et peu coûteuse, de criblage à haut débit de variants génétiques. Elle est très utilisée dans les études ciblées sur des régions d’intérêt pouvant être impliquées dans des maladies génétiques, des cancers ou permettant la caractérisation de populations microbiennes ou virales, de variétés de plantes à intérêt agronomique etc…
La technique est basée sur l’enrichissement par PCR hautement multiplexée de régions d’ADN ou de cDNA (de dizaines à plusieurs milliers). Des panels d’amorces prédéfinies sont proposés par différents fournisseurs. Des outils sont aussi disponibles pour définir à façon les amorces spécifiques à une étude génétique donnée. Les variations spécifiquement amplifiées peuvent couvrir par exemple un groupe de gènes impliqués en oncologie (cancers du poumon, colon ou du sein) ou l’ensemble de l’exome. On peut aussi analyser des variations de séquences répétées SSRs (simple sequence repeats) ou microsatellites. Ces motifs, très polymorphes, sont très informatifs pour les études de population ou de cultivar
D’abord appliqués sur des technologies de courte lecture de séquençage (Illumina par exemple), les protocoles se sont adaptés aux technologies longue lecture (PacBio, ONT). Karst S M et al. Nat Methods 2021
