TAPS/TAPSβ
Pour palier aux biais induits par la méthode BiSeq pour la détection des 5-méthylcytosine (5mC) et la 5-hydroxyméthylcytosine (5hmC) de l’ADN (dégradation de l’ADN, faible rendement, faible complexité etc.), de nouvelles méthodes apparaissent pour l’étude des modifications épigénétiques de l’ADN.
Parmi elles , le TAPS (TET-assisted pyridine borane sequencing ) qui, en combinant l’oxydation des 5mC et 5hmC par une enzyme TET (ten-eleven translocation) avec une réduction pyridine borane , permet la transition C->T (cf. figure).
Ces réactions induisent peu de dommages à l’ADN en gardant l’intégrité de fragments jusqu’à10kb, offrant la possibilité de séquençage longue lecture (PacBio Chen J et al. N.A.R. 2022; ONT).
Si on ne veut qu’étudier les sites 5mC (TAPSβ), il est possible de protéger les 5hmC par ligation d’une molécule de glucose grâce à une β-Glucosyl transférase (Lui Y et al. Nat Comm 2021).
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