Expertise et équipements

ABiMS propose son expertise dans l’analyses de données et le développement logiciel et bases de données aux équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques sous forme de projets.

Son offre de service est répartie en cinq activités :

• e-infrastructure : cluster de calcul, Galaxy, JBrowse/Apollo, RStudio, banques, stockage et logiciels scientifiques
• Bio-analyse : analyse de données -omics (RNAseq, génomique, metagénomique, metabarcoding, etc.)
• Ingénierie logicielle : création de sites web, logiciels et de base de données
• Formation : RNASeq, phylogénie, Linux, R, Python, …
• Support : pour l’utilisation des ressources de calcul (logiciel, données, etc.)

La plateforme ABiMS offre un accès à son infrastructure de calcul et de stockage (2500 CPU, 2.5 Po, serveurs  GPU, BDD, BigMem 1-2 To RAM)  ainsi qu’une offre de plus de 500 logiciels et bases de données de référence dont le déploiement est assuré conjointement avec les plateformes de l’IFBcore.

Demande de compte : https://my.sb-roscoff.fr/manager2/register

Formations

La plate-forme ABiMS propose des formations avec un triple objectif :

• Apprendre aux utilisateurs à se familiariser avec les composants de l’e-infrastructure dont ils auront besoin pour réaliser les aspects informatiques de leurs projets scientifiques : le système d’exploitation Linux, l’environnement d’exécution des clusters,
• Aider les utilisateurs à maîtriser des logiciels spécifiques : la plate-forme Galaxy, le langage de programmation R.
• Permettre aux utilisateurs d’effectuer des analyses de leurs données en les formant aux méthodes d’analyse statistique, RNA-seq, assemblage et annotation de génome, metabarcoding

Les membres de l’équipe ABiMS proposent également des sessions de formation adaptées à des communautés (Métabolomique) ou des projets spécifiques (écoles d’été, écoles CNRS, écoles AVISAN).

Développements / Principales réalisations

Afin de fournir à la communauté scientifique des outils pour analyser les données génomiques et transcriptomiques issues du projet « France Genomique » Phaeoexplorer, la plateforme ABiMS déploie sur son infrastructure HPC des environnements pour la visualisation et l’annotation des données au travers d’interfaces conviviales sur la base du projet GGA : galaxy-genome-annotation.github.io. https://phaeoexplorer.sb-roscoff.fr/home/

Dans le cadre du projet européen ELIXIR, en étroite collaboration avec le Genoscope et l’EBI, la plateforme ABiMS a développé et maintien une base de données génomique de référence dédiée aux transcriptomes des espèces marines, METdb (http://metdb.sb-roscoff.fr/metdb/). Cette base regroupe des jeux de données publics issus du projet collaboratif MMETSP (Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project, Keeling et al. 2014) et des jeux de données complémentaires issus de projets de recherche de la Station marine de Roscoff et du Genoscope. Un total de 494 jeux de données RNA-seq comprenant 233 genres différents et 27 phylums ont été intégrés en utilisant des protocoles standardisés et reproductibles d’assemblage et d’annotation.

Dans le cadre du Pôle Océan ODATIS de l’IR DATATERRA, la plateforme ABiMS héberge le CDS-IS-SBR (Centre de données et services in situ de la Station Biologique de Roscoff) qui a la responsabilité de la base de données nationale RESOMAR-Pelagos. Cette base de données issue du Réseau des Stations et Observatoires Marins regroupe des données de biodiversité de l’écosystème pélagique côtier (dont des séries temporelles). L’objectif majeur d’une telle base est d’exploiter l’information biologique acquise, pour répondre à des questions scientifiques (par exemple : l’étude des facteurs qui contrôlent la distribution et l’abondance des organismes pélagiques à différentes échelles spatiales et temporelles).

Mise à jour Février 2022